Zunächst erfolgt die sorgfältige Administration aller Präparate entsprechend der Angaben auf den Zuweisungsscheinen und den Probenetiketten auf den Behältern, in denen sich das übersandte Gewebe befindet. Jedes Präparat erhält eine eigene Histologie- bzw. Zytologienummer.

Bei histologischen Präparaten ist eine ausreichend lange Fixierung der bioptisch bzw. operativ entnommenen Gewebe wichtig. Dadurch werden sie für Jahrzehnte haltbar gemacht. Die Fixierung erfolgt idealerweise bei Raumtemperatur. Hitze fördert die Fixierung. Kälte verhindert sie. Die Präparate sollten daher niemals in den Kühlschrank gestellt werden. Werden sie Temperaturen um den Gefrierpunkt ausgesetzt, wird das in Formalin eingebrachte Gewebe zerstört. Pro Millimeter Gewebedicke beträgt die Fixierungszeit in vierprozentigem Formalin in etwa eine Stunde. Bei größeren Operationspräparaten dauert die Fixierung daher länger als bei Biopsien. Während Biopsien sofort weiterverarbeitet werden, ist dies bei Operationspräparate erst am darauffolgenden Arbeitstag möglich, was den Befund um einen Tag verzögert.

Alle Präparate werden makroskopisch, das heißt mit freiem Auge begutachtet und unter Angabe von Größe, Farbe und Konsistenz beschrieben. Anschließend werden die Präparate zugeschnitten und für die weitere Verarbeitung in kleine verschließbare, flüssigkeitsdurchlässige Gewebekassetten („Kapseln“) gegeben.

Zytologische Präparate wie Mundschleimhaut- oder Vaginalabstriche werden bereits vom behandelnden Arzt auf einem Glasobjektträger ausgestrichen und mittels Fixierungsspray haltbar gemacht. Zellen von Harnproben, Spülflüssigkeiten oder Punktaten aus Gelenken, Zysten, Brust- oder Bauchhöhle werden durch Zugabe von Alkohol fixiert. Menge und Beschaffenheit der Präparate werden für den Befund notiert.

Das Gewebe, das sich in den rund 2 cm großen Kapseln befindet, wird über Nacht in einem speziell dafür entwickelten Automaten entwässert und danach in Wachs getränkt. Frühmorgens wird es von spezialisiertem Personal in Wachsblöcke eingebettet. Die Wachsblöcke werden für eine bessere Festigkeit gekühlt. Anschließend werden mithilfe so genannter Mikrotome (spezielle Schneideapparate) händisch hauchdünne, 2-4µm messende Gewebeschnitte angefertigt. Die Gewebeschnitte werden in einem Wasserbad auf Glasobjektträger aufgezogen und in einem Automaten gefärbt. Dadurch werden die unterschiedlichen Strukturen des Gewebes gut sichtbar gemacht. Alle histologischen Präparate werden routinemäßig mit Hämatoxylin&Eosin gefärbt. Je nach klinischer Fragestellung erfolgen gegebenenfalls sofort zusätzliche Spezialfärbungen und immunhistochemische Analysen. Alle Gewebeschnitte werden mit einem Deckglas versehen, um sie dauerhaft gut zu schützen.

Bei zytologischen Untersuchungen werden einzelne Zellen untersucht. Die dafür aus Körperhöhlen, Hohlorganen oder Zysten gewonnenen Flüssigkeiten werden zentrifugiert und auf Glasobjektträger aufgebracht. Anschließend werden die Präparate gefärbt. Routinemäßig erfolgt dabei die Färbung nach Papanicolaou. Steht ausreichend Zellmaterial zur Verfügung kann auch eine Giemsa-Färbung erfolgen und ein so genannter Zellblock angefertigt werden. Bei einem Zellblock werden zahlreiche Zellen gemeinsam in Wachs eingebettet und stehen im Gegensatz zu zytologischen Ausstrichpräparaten für weitere Zusatzuntersuchungen zur Verfügung.

Die fertig hergestellten histo- und zytologischen Präparate werden schließlich den Zuweisungsscheinen zugeordnet, auf Tabletts angeordnet und dem Pathologen zur Begutachtung übergeben.

Mikroskopie

 Bei 40-, 100-, 200-, 400- und 1000-facher Vergrößerung werden Zellen und Gewebe vom Pathologen mikroskopisch auf krankhafte Veränderungen untersucht. Der Pathologie achtet dabei auf Entzündungen, Infektionen, Tumorerkrankungen und deren Vorstufen. Auch genetische Erkrankungen und fehlgesteuerte Stoffwechselprozesse können mitunter unter dem Mikroskop entdeckt werden.

Bei speziellen Fragestellungen werden vom Pathologen weitere Zusatzuntersuchungen angefordert. Spezialfärbungen erfolgen zum Beispiel um Schleim, Zellgrenzen oder Krankheitserreger besser sichtbar zu machen. Immunhistochemische Analysen sind aufwendiger und daher teurer. Für sie stehen ein eigens dafür entwickelter Automat zur Verfügung, der die immunhistochemischen Zusatzfärbungen entsprechend standardisierter Protokolle durchführt.

Diagnose

Entsprechend der mikroskopischen Untersuchungsergebnisse erfolgt schließlich die Diagnose. Krankhafte Veränderungen werden in entzündliche, degenerative und tumoröse Prozesse unterteilt. Bei Tumorerkrankungen wird zwischen gut- und bösartigen Tumoren unterschieden. Wichtig ist die Angabe, ob der Tumore vollständig entfernt wurden. Handelt es sich um einen bösartigen Tumor, wird im Befund auch die Differenzierung des Tumors (Grading) und das Ausmaß seiner Ausbreitung (Staging) angegeben.

Die korrekte Diagnose ist die Grundvoraussetzung für eine erfolgreiche Therapie.

Nach Erstellung der Diagnose werden alle histo- und zytologischen Präparate entsprechend den gesetzlichen Bestimmungen archiviert: alle Gewebeschnitte und Ausstrichpräparte auf Glasobjektträger für mindestens zehn Jahre, Gewebeblöcke für zumindest drei Jahre. Im Bedarfsfall können selbst Jahre später weitere Untersuchungen erfolgen: wie z.B. molekularpathologische Untersuchungen als Grundlage für den Einsatz neuartiger zielgerichteter Therapien bei Krebserkrankungen, die durch intensive medizinische Forschung möglich werden.